主要体现在加热原理不同：电烤箱通过电阻丝通电变热，将电能变成热能，使得箱体内的温度提高，继而对食物进行烘烤至熟;微波炉是将电能变成微波，通过炉内的空气传播到食物，从而使得食物变热继而变熟。
微波炉是一种用微波加热食品的现代化烹调灶具。由电源，磁控管，控制电路等部分组成。通过微波震荡使食物中的物质分子高速运动起来，分子之间相互撞击产生热量，是食物内部产生热量进行加热。运动速度越快，温度越高，加热越快。微波炉加热食物会导致水分子大量流失。
烤箱的加热原理则是通过电加热电阻丝产生热量，这种热量在烤箱中对食物的加热顺序是由外向内加热的，不会破坏食物中的分子，保留食物中原有的味道和营养物质。但是如果加热不均匀就会导致食物与烤盘接触的地方烧焦影响口味。
微波炉： 微波炉主要用来快速翻热食物，能节省很多时间。在加热的同时，会使食物的水分和营养的流失加快，所以不适合加热发酵类食物，比如馒头、面包和包子类食物，放进微波炉进行加热会使馒头等变硬影响口感。
优点：加热时间短，经济实惠，可以做菜。
缺点：不能使用金属器皿，烧烤食物时操作很麻烦，加热食物容易流失营养物质和水分，清洁炉腔有困难。
电烤箱：电烤箱与明火烧烤对比最明显的优点是明火烧烤容易产生致癌物质--3,4-苯并芘，烧烤时间越长产生致癌物质越多。但是对于电烤箱来说则不存在产生致癌物质之说。
优点：体积小功率大，不会产生致癌物质，炉内较少采用易结垢表面所以可以免清洗。
缺点：功能单一智能用于烘烤食物，大功率电烤箱易费电。
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