经过两年多的筹建，香港中文大学(深圳)在8月17日正式成立，在院长任命仪式上，港中大(深圳)校长徐扬生教授为医学院创院院长郑仲煊教授颁发聘书。今年9月，医学院将迎来首批临床医学本科学生。
2019年1月，在粤港澳大湾区和深圳先行示范区“双区”建设重大历史机遇背景下，深圳市人民政府、香港中文大学、香港中文大学(深圳)正式签订协议共同建设香港中文大学(深圳)医学院。未来，医学院还将分阶段开设公共卫生、药学、护理学等专业。
接下来，医学院将充分发挥学校三个诺贝尔奖科学家研究院与大数据研究院在人工智能、生命健康等领域的科研和人才优势，推动医工结合、医理结合和转化医学发展。
2020年12月29日，龙岗区人民政府与香港中文大学(深圳)签署战略合作框架协议。龙岗区将积极推进将龙岗中心医院、龙岗区人民医院建设成为香港中文大学(深圳)附属第二医院和香港中文大学(深圳)附属第三医院及其临床医学院，并支持香港中文大学(深圳)在医院管理体制机制和药品临床应用等方面大胆创新。
此前，深圳市政府与香港中文大学、香港中文大学(深圳)已签署共建香港中文大学(深圳)医学院的协议，三方将联合建设医学院及附属医院。
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